Sự suy giảm và mất đi môi trường sống
Sự biến mất của môi trường sống chủ yếu từ những hoạt động của con người chính là nguyên nhân dẫn đến sự suy giảm đa dạng động thực vật, trong đó các hoạt động của con người có thể kể đến như chuyển đổi mục đích sử dụng đất, đốt rừng làm rẫy hay khai thác thủy hải sản quá mức.
Sự khai thác quá mức
Mặc dù Việt Nam ta sở hữu nguồn đa dạng sinh học ở mức cao nhưng chính bởi những hoạt động khai thác quá mức đã dẫn đến sự cạn kiệt những tài nguyên thủy hải sản ven bờ. Hơn nữa, các phương pháp khai thác mang tính phá hủy cũng gây ảnh hưởng đến giống nòi của các loài sinh vật như nổ mìn hay sử dụng hóa chất.
Ô nhiễm môi trường
Nhiều nơi bị ô nhiễm và chịu ảnh hưởng trực tiếp bởi khí thải công nghiệp, chính điều này vô hình chung làm ảnh hưởng đến môi trường sống của những sinh vật động vật.
Mặt khác điểm đáng chú ý hơn cả chính là ô nhiễm từ dầu lại xảy ra tập trung chủ yếu ở các vùng nước cửa sông ven bờ hay bởi hoạt động của những tàu thuyền lớn. Đó cũng là nguyên nhân chính dẫn đến ô nhiễm sinh học ảnh hưởng trực tiếp đến nguồn gen bản địa và nơi sinh sống của các loài sinh vật bao gồm thực vật và động vật.