Để hiểu về đa dạng sinh học ở Việt Nam thì trước hết cần hiểu về đa dạng hệ sinh thái (nơi trú ngụ của các loài sinh vật và có sự tương tác với môi trường). Theo các kết quả nghiên cứu, Việt Nam nằm ở vị trí chuyển giao của nhiều luồng sinh vật: phía đông mang các đặc điểm địa sinh học của dãy Himalaya; phía nam có các kiểu hệ sinh thái tương tự với các hệ sinh thái biển đảo và đất liền của khu vực Đông Nam Á; dãy Trường Sơn là vùng chuyển tiếp giữa kiểu khí hậu nhiệt đới và cận nhiệt đới. Bên cạnh các dãy núi, Việt Nam còn có 16 hệ thống sông chính, trong đó có hơn 10 hệ thống sông mà lưu vực có diện tích trên 10.000 km2 như hệ thống sông Hồng, sông Cửu Long, sông Đồng Nai… Bên cạnh hệ sinh thái rừng thì Việt Nam còn có nhiều kiểu hệ sinh thái khác như trảng cỏ, đất ngập nước nội địa, đồi cát, bãi bồi ven biển, cửa sông, bãi cỏ biển, rạn san hô và vùng biển sâu. Song song đó còn có các hệ sinh thái nhân tạo như đập nước, đất nông nghiệp, đô thị.

Việt Nam nằm trong khu vực Indo – Burma, là 1 trong 25 điểm nóng về đa dạng sinh học toàn cầu. Đa dạng sinh học ở Việt Nam đứng thứ 16 trên thế giới. Một thống kê chưa đầy đủ vào năm 2011 cho thấy, Việt Nam là nơi trú ngụ của 13.766 loài thực vật, 10.300 loài động vật trên cạn (312 loài thú, 840 loài chim, 167 loài ếch nhái, 317 loài bò sát, trên 7.700 loài côn trùng, và nhiều loài động vật không xương sống khác). Số loài sinh vật nước ngọt đã được biết đến là hơn 1.438 loài vi tảo, 800 loài động vật không xương sống, 1.028 loài cá nước ngọt. Số lượng loài sinh vật biển được biết là hơn 11.000 loài (6.300 loài động vật đáy, 2.500 loài cá biển, 653 loài rong biển, 657 loài động vật nổi, 537 loài thực vật nổi, 94 loài thực vật ngập mặn, 225 loài tôm biển, 14 loài cỏ biển, 15 loài rắn biển, 25 loài thú biển và 5 loài rùa biển).

Một đặc điểm nổi bật trong nguồn tài nguyên về đa dạng sinh học ở Việt Nam là tính đặc hữu về loài, đồng thời cũng là về nguồn gen quý hiếm. Thống kê từ cơ sở dữ liệu các nhóm động, thực vật cho thấy, Việt Nam có ít nhất 467 loài động vật đặc hữu, cao hơn nhiều so với các quốc gia lân cận như Lào, Campuchia, Thái Lan. Bên cạnh đó, Việt Nam có đến 25 giống thực vật có mạch đặc hữu, trong khi con số này ở Lào là 3 và Campuchia là 1. Rõ ràng nguồn gen thực vật đặc hữu này là nguồn tài nguyên vô cùng quý giá mà Việt Nam có được.